Mais do que uma adaptação burocrática, o novo regime impõe revisão de processos, sistemas e controles internos relacionados às atividades das Fundações de Apoio junto às entidades apoiadas e demais ICTs. 

Até o marco da reforma, as fundações de apoio operavam em ambiente tributário relativamente estável, sustentado por isenções de IRPJ e CSLL e pela não incidência de COFINS sobre receitas próprias. A carga tributária concentrava-se, em linhas gerais, no PIS sobre a folha e na contribuição previdenciária patronal. 

Nesse cenário, a gestão administrativa exigia menor sofisticação quanto ao controle de estoques e à escrituração detalhada de documentos fiscais de entrada, uma vez que as aquisições eram, em regra, absorvidas como custo final dos projetos. 

À luz da Emenda Constitucional nº 132/2023 e da nova legislação complementar, contudo, esse ambiente demanda reavaliação criteriosa, especialmente quanto à documentação de suporte, à aderência dos fluxos financeiros às finalidades institucionais e à robustez dos controles que sustentam o enquadramento jurídico adotado.

O ano de 2026 inaugura a fase de transição operacional do novo sistema, exigindo que as fundações emitam documentos fiscais com destaque das alíquotas de teste previstas para IBS e CBS. Essa etapa evidencia, sobretudo, a necessidade de correta classificação das operações e de aderência aos requisitos normativos aplicáveis ao tratamento tributário favorecido.

Nesse contexto, falhas na classificação fiscal, na escrituração ou na parametrização de sistemas podem comprometer diretamente o correto enquadramento das operações submetidas à alíquota zero de IBS e CBS. Por isso, a preparação institucional deve concentrar-se na consistência dos registros, na adequada documentação de suporte e na validação dos fluxos operacionais e contratuais.

Um dos pontos mais relevantes para as fundações de apoio no novo regime é o tratamento conferido, nas hipóteses legalmente previstas, por meio da alíquota zero de IBS e CBS. A efetiva fruição desse tratamento, contudo, depende da correta caracterização das operações, da observância dos requisitos legais e da adequada comprovação documental do vínculo entre os dispêndios realizados e os projetos beneficiados. 

Para que essa lógica produza efeitos concretos, a governança de dados das fundações passa a ocupar posição central. O modelo anterior, menos exigente quanto à rastreabilidade de aquisições e à vinculação entre despesas e projetos, torna-se insuficiente diante da nova realidade. 

As instituições precisam avaliar sistemas de controles fiscais mais robustos e aptos a registrar, conciliar e demonstrar o nexo entre a aquisição de insumos, equipamentos e serviços e sua utilização em atividades potencialmente alcançadas pelo tratamento favorecido. Isso envolve parametrização adequada de ERP, consistência da escrituração fiscal e contábil, integração com obrigações acessórias e preservação de documentação idônea para eventual fiscalização. 

Em um ambiente de maior automação arrecadatória e cruzamento eletrônico de informações, fragilidades nesses controles podem – não apenas – comprometer o correto enquadramento das operações submetidas à alíquota zero, ampliar a exposição da entidade a contingências tributárias, mas sobretudo reduzir a eficiência tributária das fundações de apoio, caso deixem de recuperar parte dos tributos a que teriam direito.